ในเวลาเดียวกันเขาสนใจในองค์กรทางการเมืองของอิตาลี แผนสำหรับ สาธารณรัฐ โดยกลุ่ม ผู้รักชาติ อิตาลีที่นำโดยFilippo Buonarrotiต้องถูกระงับเมื่อ Buonarroti ถูกจับในข้อหาสมรู้ร่วมคิดในการสมรู้ร่วมคิดของFrançois-Noël Babeufต่อสารบบ หลังจากนั้นโบนาปาร์ตก็ได้จำกัดเสรีภาพในการกระทำของตนโดยไม่ละทิ้งผู้รักชาติชาวอิตาลี ทรงตั้งระบอบสาธารณรัฐขึ้นในลอมบาร์เดียได้แต่เฝ้าติดตามผู้นำอย่างใกล้ชิด และในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2339 เขาได้สร้างสาธารณรัฐ Cisalpineโดยการรวมเมือง Modena และReggio nellEmiliaเข้ากับรัฐสันตะปาปาแห่ง Bologna และ Ferrara ที่ยึดครองโดยกองทัพฝรั่งเศส จากนั้นเขาก็ส่งคณะสำรวจไปกู้คอร์ซิกาซึ่งอังกฤษได้อพยพออกไป  เขาโจมตีเมื่อวันที่ 12 เมษายนและเอาชนะและแยกกองทัพออสเตรียและซาร์ดิเนียออกอย่างต่อเนื่อง จากนั้น นโปเลียน เดินทัพไปที่ตูริน กษัตริย์วิกเตอร์ อะมาเดอุสที่ 3แห่งซาร์ดิเนียขอสงบศึก และในสนธิสัญญาสันติภาพในปารีสเมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม นีซและซาวอยซึ่งครอบครองโดยฝรั่งเศสตั้งแต่ปี พ.ศ. 2335 ถูกผนวกเข้ากับฝรั่งเศส โบนาปาร์ตยังคงทำสงครามกับชาวออสเตรียและยึดครองมิลาน แต่ถูกคุมขังที่เมืองมานตัว ในขณะที่กองทัพของเขากำลังปิดล้อมป้อมปราการอันยิ่งใหญ่นี้ เขาได้ลงนามสงบศึกกับดยุกแห่งปาร์มา กับดยุก แห่งโมเดนา และสุดท้ายกับพระสันตปาปาปิอุสที่6