การปรากฏตัวของเม็ดไซโตพลาสซึมเป็นลักษณะเฉพาะของแมสต์เซลล์ เนื่องจากเฮปารินมีความเป็นกรดสูงในแกรนูลเหล่านี้ สีย้อมที่เป็นด่างจึงมีการเปลี่ยนสี คุณสมบัตินี้เรียกว่าเมตาโครมาเซีย มีลักษณะเฉพาะสำหรับแมสต์เซลล์และเบโซฟิล เซลล์ โทลูอิดีนสีย้อมที่เป็นด่างจะย้อมเม็ดสารคัดหลั่งสีแดงม่วง หลังจากที่แกรนูลถูกขับออกจากเซลล์ พวกมันสูญเสียคุณสมบัติทางเมตาโครมาติกและย้อมสีชมพูด้วยโทลูอิดีนสีน้ำเงิน โดยปกติแมสต์เซลล์สามารถแยกความแตกต่างจากเบโซฟิลได้เนื่องจากลักษณะทางสัณฐานวิทยาของโมโนนิวเคลียร์ และคำถามใดๆ สามารถแก้ไขได้ด้วยคราบพิเศษ เช่น ทริปเทสหรือโมโนโคลนอลแอนติบอดีไปยังตัวรับแมสต์เซลล์คิท (CD117) การย้อมสีด้วยเฮมาทอกซิลินและอีโอซินเผยให้เห็นเม็ดของอีโอซิโนฟิล และไม่อนุญาตให้นักจุลทรรศน์แยกแยะความแตกต่างระหว่างแมสต์เซลล์กับอีโอซิโนฟิลได้อย่างน่าเชื่อถือ