ผลิตภัณฑ์จากนมและผลิตภัณฑ์ที่ไม่ใช่นมอาจมีส่วนผสมอื่นๆ มากมาย เช่น พรีไบโอติก (ส่วนผสมที่หมักในส่วนหลังของระบบทางเดินอาหาร และกระตุ้นการเจริญเติบโตและกิจกรรมของจุลินทรีย์ในลำไส้ที่เป็นประโยชน์) ที่อาจทำปฏิกิริยากับโปรไบโอติกเพื่อเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติการทำงาน [ 105] การมีอยู่ของสารเหล่านี้อาจเกิดขึ้นเฉพาะกับอาหารพาหะบางชนิด ตัวอย่างเช่น โดยธรรมชาติแล้ว นมไม่มีอินนูลิน (โพลีแซ็กคาไรด์จากพืชที่มีคุณสมบัติพรีไบโอติก) แต่ผัก/เหง้าบางชนิด ผลไม้และธัญพืช (อาติโชค ข้าวโอ๊ต กล้วย กระเทียม หัวหอม กระเทียมหอม) มีอินนูลินในระดับสูง อย่างไรก็ตาม ยังมีความเป็นไปได้ในการผลิตผลิตภัณฑ์นมโปรไบโอติกโดยการผสมผสานพรีไบโอติกต่างๆ เช่น อินนูลิน หรือผลิตภัณฑ์ที่สลายตัว (ฟรุกโตโอลิโกแซ็กคาไรด์และโอลิโกฟรุกแทน) โอลิโกแซ็กคาไรด์ที่เป็นพรีไบโอติกนั้นได้มาจากหนึ่งในสามกระบวนการ ได้แก่ การสกัดโอลิโกแซ็กคาไรด์ตามธรรมชาติจากพืชโดยตรง การควบคุมไฮโดรไลซิสของโพลีแซ็กคาไรด์จากพืชธรรมชาติ และการสังเคราะห์ด้วยเอนไซม์ โดยใช้ไฮโดรเลสและ/หรือไกลโคซิลทรานสเฟอเรส [ 106] นอกเหนือจากกิจกรรมพรีไบโอติกโดยตรง โอลิโกแซ็กคาไรด์ที่ได้จากพืชและจุลินทรีย์หลายชนิดยังช่วยส่งสิ่งมีชีวิตโปรไบโอติกไปยังพื้นที่เป้าหมาย จุลินทรีย์ การห่อหุ้มสิ่งมีชีวิตโปรไบโอติกด้วยสารประกอบดังกล่าวช่วยป้องกันการย่อยอาหารในทางเดินอาหารของสิ่งมีชีวิตโปรไบโอติกทำให้พวกมันอยู่ที่ลำไส้ใหญ่ซึ่งเป็นตำแหน่งเป้าหมายของโปรไบโอติก พรีไบโอติกจากแหล่งพืช เช่น คาร์โบไฮเดรต Arrowroot ( Maranta arundinacea ) และ Raftilose (อินนูลินที่มีจำหน่ายในท้องตลาด) สามารถใช้เพื่อเพิ่มความอยู่รอดของLactobacillus sp. และแบคทีเรียกรดแลคติคในโยเกิร์ตชีวภาพระหว่างการเก็บรักษาในตู้เย็น [ 108] สารพรีไบโอติกเหล่านี้อาจช่วยให้โปรไบโอติกสามารถอยู่รอดได้ผ่านทางระบบทางเดินอาหารและตั้งรกรากในเยื่อบุผิวในลำไส้ขนาดใหญ่ การศึกษาอื่น เปิดเผยว่าการเสริมอาหารไก่เนื้อด้วยสารประกอบพรีไบโอติกเฉพาะสนับสนุนการเจริญเติบโตของโปรไบโอติกแลคโตบาซิลลัส spp. เช่นแอล. จอห์นสันใน ileum และ caeca ของพวกเขา ดังนั้น การเลือกโปรไบโอติก พรีไบโอติก และอาหารพาหะอย่างระมัดระวัง (ทั้งจากนมและไม่ใช่นม) เมื่อผลิตอาหารโปรไบโอติกจึงเป็นสิ่งสำคัญในการเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานของโปรไบโอติกให้สูงสุดในระหว่างการผลิต การเก็บรักษา และเมื่อกลืนกิน ดูเหมือนว่าในกรณีส่วนใหญ่เมทริกซ์อาหารที่เป็นพาหะจะมีผลเสริมฤทธิ์กันต่อจุลินทรีย์โปรไบโอติกในระหว่างการแปรรูปและในสภาพแวดล้อมทางเดินอาหาร  อย่างไรก็ตาม, คำถามเกี่ยวกับผลเสริมฤทธิ์กันดังกล่าวอาจเกิดขึ้นเมื่อใช้ตัวพาโปรไบโอติกที่ไม่ใช่อาหาร เช่น แคปซูล